Isso é normal o suficiente para que a maioria das pessoas que criam seus próprios ambientes em Python usem algo como virtualenv para gerenciar eles. Substituir o Perl, Python ou Ruby fornecido pelo sistema quase nunca é uma boa idéia, e todas as três linguagens fornecem maneiras para que os desenvolvedores gerenciem suas próprias instalações privadas (para Perl existe PerlBrew e para Ruby há RVM).