A solução que acabei usando foi MySQL Sandbox . Com o MySQL Sandbox, eu consegui instalar o MySQL 5.1 independente em uma pasta que é melhor na minha opinião do que ter o MySQL usando muitas pastas diferentes, o que é mais difícil de desinstalar, o que pode ter sido o motivo para instalar manualmente o 5.1 depois de ter instalado 5.5. Com o MySQL Sandbox, posso ter várias instâncias do MySQL instaladas sem que elas entrem em conflito umas com as outras.