No meu caso, eu estava simplesmente tentando instalar atualizações e pendurado da mesma maneira:
Setting up mysql-server-5.6 (5.6.28-0ubuntu0.14.04.1) ...
A sugestão acima não funcionou e sugere por que o processo de atualização falhou:
$ sudo service mysql stop
stop: Unknown instance:
Não parece ter o PID correto para parar o MySQL, então parei com o outro método:
$ sudo /etc/init.d/mysql stop
* Stopping MySQL database server mysqld [ OK ]
e o instalador continuou normalmente e foi concluído.