Não tenho certeza se entendi a pergunta corretamente: você já tem um PDF com várias imagens organizadas em uma página em uma grade e precisa ajustar as imagens individuais sem alterar o layout?
Nessecaso,vocêpodeimportaroPDFparao
A única coisa que você precisa resolver é a resolução: Ao importar para o GIMP, selecione uma resolução grande o suficiente (pelo menos tão grande quanto aquela em que as fotos incorporadas em PDF estão), ou menos você perderá informações . Observe também que, como o GIMP converte tudo em bitmap, qualquer texto selecionável / copiável nesse PDF será eliminado (ele será tratado como uma imagem).