A instalação original do WIN7 tem a partição oculta de 100 MB? Você copiou e restaurou com GHOST? A partição oculta é necessária para a inicialização na maioria dos casos. Não tenho certeza se isso teria um impacto sobre poder "ver" a unidade no BIOS. Como o @avirk observa, testar em um bom sistema conhecido seria uma grande ajuda. Até mesmo conectar como um segundo disco em um sistema de trabalho ajudaria.