Quando você instalou o GRUB no seu pen drive, precisou inserir vários comandos:
sudo grub
grub> device (hd0) /dev/sdb
grub> root (hd0,0)
grub> setup (hd0)
grub> quit
A linha
grub> device (hd0) /dev/sdb
onde /dev/sdb
é seu flashdrive, provavelmente deve ajudar. Mas você não pode emitir este comando sem emitir todos os outros. Então, basta refazer toda a sua configuração com a ajuda desses comandos.