Provavelmente, não há nada de errado com a partição que você criou.
O driver que o Windows usa para dispositivos de armazenamento em massa USB tem uma limitação, fazendo com que as janelas mostrem apenas a primeira partição.
Não me lembro se ele mostra apenas a primeira partição na unidade ou a primeira a aparecer na tabela de partições (também, não me lembro se as entradas em uma tabela de partição precisam estar em ordem). ..).
Então, você só precisa ter certeza de que a partição do Windows escolhida é a FAT, movendo as partições ou ajustando a tabela de partições.
(Desculpe por não ser capaz de fornecer um guia passo-a-passo, mas espero que isso ajude ainda.)