Não é tão prejudicial. Pense nos milhões de servidores que funcionam 24 horas por dia, 7 dias por semana, com pouco ou nenhum problema. É mais provável que seja mais prejudicial ter todos os seus dados armazenados em um só lugar. Houve relatos de problemas de discos rígidos rodando sem problemas quando movidos para um local diferente (quebra durante a transmissão). No entanto, nunca experimentei esses problemas em unidades que funcionaram por anos a fio. Se você é capaz de obter uma unidade RAID1 (dois discos rígidos com exatamente os mesmos dados agindo como um), então você estará melhor a longo prazo.