Como mencionado no meu comentário, sugiro que você atualize sua versão do windows do synergy para 1.3.8, que é a última versão estável e, se isso não ajudar, para o 1.4.5 beta.
Eu tenho dois PCs de mesa, configurados da seguinte forma:
A estranheza acontece quando eu quero mover o mouse da esquerda para a direita. Eu só posso fazer isso quando uma janela está alinhada à borda direita da área de trabalho do Ubuntu. Se a área de trabalho estiver aparecendo, o mouse simplesmente pára e não passa para a área de trabalho do Windows. Além do mais: se uma janela cobre apenas metade da tela, digamos a metade superior, então eu posso passar apenas na metade superior da tela, onde a janela cruza com a borda do destkop. Felizmente, posso sempre cruzar no canto superior direito da tela - presumivelmente porque é onde fica a barra de menus do Ubuntu.
Não consigo entender por que isso acontece ou como corrigi-lo. Tentei reinstalar o Synergy, mas isso não ajudou. Eu instalei a partir dos repositórios do Ubuntu 11.10. No Windows, estou executando a versão 1.3.7.
Pergunta bônus: se eu apertar a tecla Windows quando estiver trabalhando na máquina Windows, o Ubuntu Dash será exibido assim que eu voltar para a caixa do Ubuntu ...