Isso consertará o armazenamento BCD.
Para corrigir o MBR, você precisa usar bootrec /fixmbr
Para corrigir o setor de inicialização, use bootrec /fixboot
Eu posso ser difícil dizer exatamente onde o processo de inicialização está sendo quebrado. Mas, em geral, vai, MBR para o setor de inicialização para o armazenamento BCD IIRC.
Eu costumo ir apenas para consertar alguma coisa. FixMBR, depois FixBoot, depois BCD. Ou apenas deixe o Windows reparar, o que é mais rápido.