Você pode usar as regras de reconfiguração no arquivo conf virtual do site no diretório Site's Available. Faça algo assim:
<VirtualHost *:80>
RewriteEngine On
Rule one
Rule two
...
</VirtualHost>
O importante é habilitar o RewriteEngine antes das regras de reescrita.
Não tenho certeza, mas não acho que todas as regras de reescrita funcionarão nesse contexto (eu deveria testá-las e atualizar a postagem). Tente adicionar blocos diferentes entre as reinicializações do servidor (instale o Webmin para facilitar a administração do servidor) e depois deixe-me saber quais blocos estão interferindo no servidor.