Todo o CabPack é uma interface relativamente simples para makecab.exe . Se você quiser um arquivador CAB de linha de comando, você pode experimentar o próprio cabarc.exe da Microsoft. Eu acho que foi incluído com o XP e 2003 Resource Kit Tools.
Dito isto, o PowerArchiver não deve ter problemas ao adicionar pastas a um arquivo CAB. Você está procurando ter todo o conteúdo do arquivo CAB resultante dentro de uma única subpasta?
No entanto, os arquivos CAB são muito sensíveis à ordem dos arquivos quando se trata do nível de compactação. Se você pode agrupar arquivos por tipo, você pode melhorar a compactação em alguns casos. Para isso, você precisaria de uma ferramenta para gerar arquivos DDF personalizados para você.
Tudo isso dito: Por que CAB? A única coisa em que consigo pensar é que a descompressão está embutida no Windows XP e acima, e o nível de compactação pode ser significativamente melhor que o ZIP. No entanto, o 7-Zip pode facilmente vencê-lo em muitos conjuntos de arquivos e a sobrecarga do stub SFX é mínima se você quiser incluí-lo.