Você realmente precisa usar arrays ao coletar argumentos como este. Arrays tratarão os espaços em branco corretamente:
Atualização: removendo as aspas simples e "/ *" das opções de exclusão
exclude_opts=(
"--exclude=VirtualBox VMs/Windows 7"
"--exclude=Software"
"--exclude=LSTC"
)
du -sb "$HOME" "${exclude_opts[@]}"