Não consigo pensar em uma maneira de impedir que o Skype desative a proteção de tela (talvez estouro de pilha seja um lugar melhor para isso), mas por que não criar um atalho para ativar o protetor de tela e clicar nele quando for dormir?
Navegue até C:\Windows\System32\
e encontre o protetor de tela desejado com a extensão .scr
e crie um atalho para ele na área de trabalho (ou em qualquer outro lugar). Então, sempre que você terminar a noite, clique duas vezes no atalho para executar o protetor de tela. Isso deve funcionar.