Um editor Eclipse simples, até onde eu sei, sempre mostrará uma anotação de mudança, mesmo que seja espaço em branco (você só pode alterar as cores nas quais as alterações são exibidas em Geral > Editores > Editores de texto > Quick Diff ). Se você está falando sobre o editor de comparação, então basta clicar com o botão direito do mouse e marcar a opção "Ignorar espaço em branco".
Para substituir isso, você teria que escrever seu próprio plug-in (nesse caso, você pode começar analisando a interface IQuickDiffReferenceProvider ).