No lado do cliente, eu uso o Xming e o cliente X2Go. Estes são muito fáceis de configurar.
Lado do servidor, instalei o NX / FreeNX. Um poderia ir com um servidor VNC ou muitas outras opções, mas descobri que o FreeNX parecia funcionar melhor para as minhas necessidades e a interface de usuário do desktop do lado do servidor parecia mais rude para mim.
Eu usei a maioria dos sistemas por aí e não tenho uma preferência de longa data. Ainda assim, uma palavra de conselho: é melhor aprender como configurá-los por meio de um script e salvar seu script, caso deseje gerar novamente sua AMI. As várias contorções de configuração pelas quais você pode passar não valem a pena ser re-aprendidas se você decidir produzir uma nova AMI do zero.
É bom aprender suas opções de software cliente e servidor e mexer em cada um de cada vez. Eu comecei várias instâncias spot baratas ao descobrir qual configuração funcionava melhor para mim.