Infelizmente, sei como você se sente e não consegui realmente encontrar sua causa. Simplesmente um dia depois de muitas tentativas de ajustes (e depois de algumas atualizações), consegui que funcionasse. Eu posto aqui o meu xorg.conf para que você possa se inspirar nele. Eu lembro de uma vez que xinerama fez o que está acontecendo com você agora, mas não mais (e no futuro eu espero).
# nvidia-settings: X configuration file generated by nvidia-settings
# nvidia-settings: version 290.10 (pbuilder@cake) Wed Nov 23 12:20:24 UTC 2011
# nvidia-xconfig: X configuration file generated by nvidia-xconfig
# nvidia-xconfig: version 280.13 (pbuilder@cake) Mon Aug 8 15:37:15 UTC 2011
Section "ServerLayout"
# Removed Option "Xinerama" "0"
Identifier "Layout0"
Screen 0 "Screen0" 1920 0
Screen 1 "Screen1" LeftOf "Screen0"
Screen 2 "Screen2" RightOf "Screen0"
InputDevice "Keyboard0" "CoreKeyboard"
InputDevice "Mouse0" "CorePointer"
Option "Xinerama" "1"
EndSection
Section "Files"
EndSection
Section "InputDevice"
# generated from default
Identifier "Mouse0"
Driver "mouse"
Option "Protocol" "auto"
Option "Device" "/dev/psaux"
Option "Emulate3Buttons" "no"
Option "ZAxisMapping" "4 5"
EndSection
Section "InputDevice"
# generated from default
Identifier "Keyboard0"
Driver "kbd"
EndSection
Section "Monitor"
Identifier "Monitor0"
VendorName "Unknown"
ModelName "Samsung SMS24A350H"
HorizSync 30.0 - 81.0
VertRefresh 56.0 - 75.0
Option "DPMS"
EndSection
Section "Monitor"
Identifier "Monitor1"
VendorName "Unknown"
ModelName "DELL U2412M"
HorizSync 30.0 - 83.0
VertRefresh 50.0 - 61.0
EndSection
Section "Monitor"
Identifier "Monitor2"
VendorName "Unknown"
ModelName "DELL U2412M"
HorizSync 30.0 - 83.0
VertRefresh 50.0 - 61.0
EndSection
Section "Device"
Identifier "Device0"
Driver "nvidia"
VendorName "NVIDIA Corporation"
BoardName "GeForce GTX 560 Ti"
BusID "PCI:2:0:0"
EndSection
Section "Device"
Identifier "Device1"
Driver "nvidia"
VendorName "NVIDIA Corporation"
BoardName "GeForce GTX 460"
BusID "PCI:1:0:0"
Screen 0
EndSection
Section "Device"
Identifier "Device2"
Driver "nvidia"
VendorName "NVIDIA Corporation"
BoardName "GeForce GTX 460"
BusID "PCI:1:0:0"
Screen 1
EndSection
Section "Screen"
# Removed Option "metamodes" "nvidia-auto-select +0+0"
Identifier "Screen0"
Device "Device0"
Monitor "Monitor0"
DefaultDepth 24
Option "AddARGBGLXVisuals" "true"
Option "TwinView" "0"
Option "TwinViewXineramaInfoOrder" "CRT-0"
Option "metamodes" "1920x1080 +0+0"
SubSection "Display"
Depth 24
EndSubSection
EndSection
Section "Screen"
# Removed Option "metamodes" "nvidia-auto-select @1600x1200 +0+0"
# Removed Option "metamodes" "DFP-0: nvidia-auto-select +0+0"
Identifier "Screen1"
Device "Device1"
Monitor "Monitor1"
DefaultDepth 24
Option "AddARGBGLXVisuals" "true"
Option "TwinView" "0"
Option "metamodes" "DFP-0: 1920x1200 +0+0"
SubSection "Display"
Depth 24
EndSubSection
EndSection
Section "Screen"
Identifier "Screen2"
Device "Device2"
Monitor "Monitor2"
DefaultDepth 24
Option "AddARGBGLXVisuals" "true"
Option "TwinView" "0"
Option "metamodes" "DFP-2: nvidia-auto-select +0+0"
SubSection "Display"
Depth 24
EndSubSection
EndSection
Section "Extensions"
Option "Composite" "Disable"
EndSection
O sistema é o Debian GNU / Linux wheezy (teste). A versão do driver é 290.10. A julgar pelo seu xorg.conf eu tentaria desativar o twinview (até eu, quando habilitado, tenho esse problema).
Estou ciente de que o twinview permite que você tenha um melhor desempenho e o xinerama é uma capacidade de aceleração 3D muito pobre, mas se você não tiver necessidades específicas, poderá conviver com isso. Eu posso ver vídeos muito bons com xinerama. Não tenho certeza se você está jogando. Para outras informações, você pode dar uma olhada no XRANDR, embora isso possa ser o que você está procurando, mas parece um pouco difícil de começar. O Xinerama é mais transparente, mas menos performante.
Talvez existam outras opções diferentes da minha. Twinview ativado pegou minha atenção e desativá-lo é a chave para o seu problema.