Acredito que será mais rápido executar a VM a partir de uma partição bruta após os blocos do SSD terem sido gravados, porque os comandos TRIM do sistema operacional guest serão passados para o SSD, o que não seria o caso (AFAIK) se a VM estivesse sendo executada de um arquivo.
Desde então, escrevi uma postagem no blog descrevendo como configurar um convidado do Windows 7 em execução a partir de uma partição SSD bruta em um host do Ubuntu 11.10.