Já fiz isso várias vezes em outros ambientes, mas isso geralmente acontece quando você nomeia um arquivo e qualquer rotina de salvamento de dentro do aplicativo que você está usando automaticamente acrescenta uma extensão ao final de um arquivo, mesmo que você digitou a extensão do arquivo ao salvar o arquivo.
Além disso, isso também pode acontecer se as extensões de arquivo estiverem ocultas no Finder e você renomear um arquivo e incluir a extensão.