Não tenho certeza se existe um caminho errado ou certo. Ambos têm suas vantagens, ambas as suas fraquezas.
A empresa para a qual estou trabalhando também modifica os arquivos do esquema LDAP de tempos em tempos, mas não com a mesma regularidade que no seu caso. Também estamos tendo o mesmo dc para o ambiente de desenvolvimento e produção. Na nossa empresa, não há chance de podermos misturar algo, já que estamos mudando um esquema de tempos em tempos.
Sua nova empresa pode ter visões diferentes de você, e elas podem até ter algum tipo de política para coisas de desenvolvimento. Meu conselho seria escrever um pequeno conceito em que você compare as duas maneiras. Se você ainda acha que sua "solução" é a melhor e mais eficaz, defenda-a na frente de seu supervisor. Talvez você possa convencê-los a mudar para uma nova política. Mas não se esqueça de respeitar sua política atual e não seja muito ofensivo. Tenha em mente que você pode estar caminhando para algo que não vem mudando há anos, e algumas pessoas têm medo de coisas novas (infelizmente, especialmente no setor de TI).
Escrever um conceito é, a propósito, o meu método mais bem-sucedido de convencer clientes ou até pessoas da minha empresa. Eles vêem que você fez alguma pesquisa e que você tem argumentos. Quando eles são válidos, você trilhará o caminho do sucesso!