Este é o comportamento padrão do SSMS. Você precisará limitar as permissões do usuário para ocultar os bancos de dados que você não quero ver.
No entanto, você normalmente não deve fazer isso com o usuário mapeado do Windows ou com qualquer conta administrativa. Você pode criar um novo usuário do SQL (se usar contas mistas) ou um novo usuário do Windows (use o recurso "Executar como um usuário diferente" para abrir o SSMS).