Você pode apenas executar uma instalação do Lion sobre a atual - apenas atente para não excluir os arquivos do usuário (acho que isso é padrão).
A instalação do Mac OS X substituirá todos os seus arquivos de sistema e corrigirá seus proprietários e direitos, mas não tocará em Aplicativos, Documentos, Configurações, etc.
É uma espécie de "instalação de reparo" do Windows XP, mas infelizmente o Vista e o 7 perderam.