Existem vários programas de terminal diferentes que você pode usar com o Cygwin.
O padrão é a janela de comando do Windows (a mesma usada para cmd.exe ); para esse, ajustar o tamanho do buffer de tela nas propriedades deve fazer o truque.
O arquivo .Xdefaults , que deve estar em $HOME , é usado para outros emuladores de terminal. Por exemplo, para xterm , tenho XTerm*saveLines: 1000 . Você também pode invocar o xterm com a opção de linha de comando -sl 1000 (ou qualquer valor que você goste).
O emulador de terminal rxvt é semelhante, mas use Rxvt*saveLines em vez de XTerm*saveLines .