Supondo que seja um sinal sonoro de nível de hardware (muito alto), você pode desligá-lo .
Tudo o que você precisa fazer é entrar em /etc/modprobe.d/blacklist e adicionar a linha blacklist pcspkr . Isso deve impedir que o kernel carregue o módulo que ativa o bipe de nível de hardware.
Se isso não funcionar, localize o arquivo de inicialização do ambiente de área de trabalho e adicione a linha xset -s a ele, que deve desativar o bipe do Xorg.