Como o byobu-config corrige coisas para novos processos de tela, mas não para a sessão atual, pode ser um bug que vale a pena ser reportado.
Visite link para relatar o bug ou ver se alguém já o fez.
Opcionalmente, você pode entrar em contato com o mantenedor do projeto, Dustin Kirkland: link
Esta não é uma solução direta para o seu problema, mas deve ser um passo na direção certa!