Você precisa rm dir2/file1
e refazer o hardlink. Hardlinks não são como links simbólicos. Onde links simbólicos são um ponteiro para um arquivo original, hardlinks são geralmente indistinguíveis do arquivo original. Quando você excluiu dir1/file1
, dir2/file1
se tornou o novo "original". Então, para ter um hardlink chamado dir2/file1
, você tem que tirar este arquivo agora-original dir2/file1
do caminho.