O Samba é exatamente a ferramenta a ser usada. Com o Samba, você expõe diretórios como compartilhamentos NTFS e eles são acessados da mesma forma que um compartilhamento nativo do Windows.
Se o compartilhamento no Samba não estiver configurado como acessível por guest ok , o usuário deverá fornecer credenciais para acessar o compartilhamento. Em uma configuração básica, essas credenciais mapeiam para contas de usuário do Linux e, portanto, você pode usar as permissões padrão do Linux para controlar o acesso a diretórios diferentes.
Existem muitos tutoriais disponíveis, isso deve ajudar você a começar.