O problema pode estar relacionado com o seu registro BCD .
Você precisará inicializar outro Windows no seu sistema (usando WINPE por exemplo) e digitar o seguinte comando (para ajustar suas entradas de bcd para inicializar o Windows a partir de C: \ Windows):
bcdboot C:\Windows
Eu nunca testei o xxclone, mas você também pode usar o Clonezilla para clonar o seu disco, toda vez que eu uso o Clonezilla, o disco recuperado é inicializado normalmente.