Remove Cria automaticamente a funcionalidade em todos os projetos em seu espaço de trabalho. Se o seu projeto é construído por ant alterá-lo para usar o construtor ant do que o construtor java defafult. Se seu projeto é baseado em maven use maven para construir.
Basicamente, o eclipse está monitorando todos os seus projetos e, sempre que você salvar as alterações, ele tentará fazer a agregação e construir o projeto.
Se isso não resolver o problema. Feche todos os outros projetos em que você não está trabalhando e mantenha apenas o módulo / projeto aberto no qual você está trabalhando ativamente!