Você não "conserta" problemas no disco rígido. Você faz backup dos dados e substitui a unidade.
Dito isso, usar utilitários diferentes para obter uma "segunda opinião" pode ser útil para que você não substitua desnecessariamente os discos quando for o problema do controlador e não das unidades.
UPDATE para comentário do OP:
Relendo a pergunta e vendo sua resposta abaixo, acho que podemos concordar que o controle é ruim, não todos os três discos.
Infelizmente, como o controlador que faz a verificação SMART provavelmente está firmemente conectado à placa-mãe, a menos que haja uma configuração explícita no BIOS, você terá que substituir o MoBo. O que provavelmente é uma boa ideia, de qualquer forma: se você está recebendo erros SMART de um controlador com falha, não há como saber o que acontecerá a seguir.