Poderia ter introduzido algumas condições de corrida ... o sistema operacional virtual poderia estar tentando gravar em setores que foram movidos pela operação de desfragmentação.
Neste caso, você desejará executar ferramentas como "fsck" e fazer uma pesquisa geral no google sobre métodos para recuperação de arquivos Linux / Unix. Você deve ser capaz de pelo menos encontrar uma ferramenta gratuita que reportará os arquivos que são ruins, mas pode não ser capaz de recuperá-los, pois o disco virtual subjacente está corrompido.
No que diz respeito a "não confiar no VirtualBox" ... não encontrei este tipo de problema antes; você pode ter alguns outros problemas subindo (seu disco físico pode estar indo mal - provavelmente quer executar algumas digitalizações no nível do WinXP).