Tente sair e reabrir o Finder.
Existe um erro em que arquivos que não existem mais ainda são mostrados na área de trabalho (mas não se você abrir uma janela separada para ~/Desktop/
). Isso aconteceu comigo com .download
bundles e com arquivos temporários criados pelo ImageMagick. Os arquivos sempre desapareceram depois que eu saí e reabri o Finder.