O Windows é o que é chamado de ambiente multitarefa preemptivo. Isso significa que o sistema operacional executa um agendador que pode interromper um processo para que outro possa ter tempo de CPU ou de disco. O que isso significa para sua pergunta é que os programas que "testam o hardware" ainda são medidas válidas do desempenho real do sistema e do aplicativo, porque o sistema operacional pode interrompê-los enquanto eles estão no meio da medição das coisas.
Para prosseguir, obtenha o que é atualmente um estado "normal" de quietude para sua máquina e faça um conjunto de medições. Faça isso antes de qualquer limpeza. Se você tem um monte de lixo em execução ou unidade altamente fragmentada, isso significará mais interrupções do sistema operacional enquanto dá ao sistema tempo outras coisas. Mantenha a pontuação, limpe o sistema e execute as mesmas medições novamente. Se você fez um bom trabalho, deve ver números melhores na segunda vez.