Qual sistema operacional você está executando?
Se você estiver usando o Windows Vista / 7, poderá usar a barra de pesquisa integrada no Windows Explorer para pesquisar todos os seus arquivos de mp3 ...
Abra a pasta raiz que contém suas pastas "DIR00x"; aqui, digite * .mp3 na caixa de busca na parte superior e espere que ele pesquise pelas pastas.
Depois de ter uma lista de arquivos mp3, você pode selecionar todos eles e depois recortá-los e colá-los na pasta "Minhas Músicas". Agora, copie todos os arquivos da sua pasta de músicas original para a mesma pasta "Minhas Músicas".
Se você tiver sorte, começará a receber solicitações perguntando se deseja ou não substituir os arquivos; marque a caixa de seleção "não para todos" e clique em manter arquivos originais.
Agora, abra o iTunes / Windows Media Player ou qualquer outro programa que você esteja usando e importe a pasta Minhas músicas.
Se você tiver mais duplicatas, a maioria dos players de mídia tem uma opção de "excluir duplicatas" ... O iTunes com certeza. Se isso não pegar todos eles, reserve um tempo e exclua as duplicatas ao longo do caminho ao começar a visualizá-las.
Boa sorte!