Você pode criar um aplicativo .NET que receba dois parâmetros e chame o diálogo de cópia do Windows.
O aplicativo .NET precisa implementar um código como este:
using Microsoft.VisualBasic.FileIO;
...
FileSystem.CopyDirectory(
sourcePath, destinationPath, UIOption.AllDialogs);
E a partir de um arquivo em lote você pode executar:
CustomCopy "FileA.file" "FolderB"
E o diálogo pode ser chamado a partir do seu aplicativo .NET.
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