As probabilidades são (desde que eu não sei as especificidades da sua placa-mãe) você provavelmente pode desativar o controlador Marvell no BIOS, enquanto você não será capaz de desativar o Intel.
Como o uso de portas de 6Gbps provavelmente não ajudará em unidades de 3Gbps, eu diria que use o controlador Intel e desative o Marvell, pois você provavelmente ganhará mais com os recursos que ele usaria para outros subsistemas.
Eu ficaria surpreso se você pudesse pegar um array construído em um desses controladores e movê-lo para o outro e manter o array, já que eles são fabricantes diferentes; mas você nunca sabe como a Intel usa o Marvell em suas placas como um secundário às vezes também.