Se você tiver compiz em execução ... Você pode tentar criar uma regra de janela com compizconfig-settings-manager
Exemplo:
1) Abra um Terminal e digite:
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sudo apt-get install compizconfig-settings-manager compiz-plugins
2) Abra o compizconfig-settings-manager e vá para Gerenciamento de janelas > Regras da janela
3)CliqueparaativarasregrasdejanelaeváparaaguiaRegrasdetamanhoe,emseguida,Novo
4) Preencha as Largura e Altura e clique no botão Mais
5)Abraoaplicativonaregra(meucasognome-terminal)ecliquenobotãoAgarrarnanovajanelachamada"Editar partida". (vou combinar com a classe de janela)
6)Agoraocursoréumcrossecliquenoaplicativoparaaregra(meucasognome-terminal)
7) Para concluir, clique no botão Adicionar .
8) Agora, no meu caso, quando eu abrir o terminal gnome, será redimensionado para 200x100.
Espero que ajude.