Existe um aplicativo da Unsanity chamado Labels X , que permite alterar as cores.
Labels X enhances Apple's file labeling features in Mac OS X. This means that, not only can you apply various color tints to file or folder icons, but also you have an option of applying color tints to either an icon or its name or both.
Infelizmente, não acho que exista outra maneira de fazer isso. Olhando através do dicionário AppleScript do Finder, parece que o que você quer fazer é "NÃO DISPONÍVEL AINDA". O AppleScript é uma linguagem de script muito fácil que permite executar todos os tipos de tarefas no OS X usando métodos fornecidos por aplicativos.
O Finder oferece vários métodos, mas, obviamente, a alteração das cores das etiquetas ainda não está implementada.
label n : (NOT AVAILABLE YET) A Finder label (name and color)
E especialmente:
color (RGB color) : the color associated with the label