Não estou muito interessado nos internos, mas gvim
provavelmente alterará seu estado de janela para exibir e ocultar as barras de rolagem (ou até mesmo recriar sua janela), o que pode induzir o Windows a desencaixar (ou não re-encaixar) .
Tente :set go-=r go-=R go-=l go-=L
para verificar. Se isso alterar o comportamento, tente encontrar a configuração com a qual você se sente mais à vontade. Você pode sempre ou nunca exibir as barras de rolagem, dependendo do seu gosto. (Como o Vim é muito voltado para o teclado, muitos usuários do Vim, inclusive eu, não precisam de barras de rolagem).
Veja :help 'guioptions'
para saber mais sobre essas configurações.