Você sempre pode usar uma pasta compartilhada que esteja montada em sua VM. Por exemplo, crie uma pasta no Windows, compartilhe-a usando o software de virtualização existente e abra-a no Linux. Todas as suas alterações afetam imediatamente a pasta "real" do Windows.
Para lhe dar um exemplo mais concreto, no VirtualBox você vai para as configurações da sua máquina virtual e depois para as pastas compartilhadas. Aqui, crie uma pasta compartilhada que mapeie para alguma pasta na sua unidade do Windows.
Na VM Linux, primeiro você precisa instalar as adições de guest para o Virtual Box . Então, use algo como
mkdir -p /media/share
mount -t vboxsf <sharename> /media/share
onde <sharename> é o nome que você deu à pasta compartilhada nas configurações do VirtualBox. Toda mudança que você fizer nessa pasta no Linux será automaticamente visível no Windows e vice-versa.