A política de grupo será a maneira mais eficaz de desativar a Reprodução automática. Não pode ser substituído, desde que a política esteja em vigor. Qualquer configuração baseada em registro provavelmente seria apenas uma configuração de política baseada em registro, que possui a mesma força que a política de grupo 'normal', mas é mais difícil de administrar.
Eu nunca vi a Diretiva de Grupo fazer outra coisa senão exatamente o que está escrito na caixa. Se você configurá-lo para dizer "nunca usar o Autorun", eu esperaria que isso fosse verdade em todos os casos, exceto por algumas infecções de malware bem estranhas.