Eu duvido que exista um utilitário que possa fazer isso. Cada software instala arquivos em diferentes locais no sistema, alguns apenas no diretório de arquivos do programa, alguns em outros locais do sistema. Além disso, muitas vezes, o software grava entradas em diferentes locais do registro e não há como um utilitário controlar tudo isso em todos os programas existentes.
Sua melhor aposta é fazer o backup das configurações de cada programa a partir da interface do programa, se tiver essa opção. Procure por opções como "export" e "backup" no programa. Isso produz um arquivo que depois você pode importar ao reinstalar o programa na outra máquina e todas as configurações devem ser restauradas.