Infelizmente o x264 - que é provavelmente um dos codificadores h.264 mais rápidos por aí - ainda não tem aceleração de GPU. Há uma discussão no fórum "legal" sobre isso.
No entanto, os pesquisadores da Uni Heidelberg têm implementado x264 com suporte a OpenCL , mas eu não tentei isso ainda. Você pode querer dar uma chance, também tem alguns exemplos. Não posso experimentar aqui porque estou em um Mac.
Além disso, você provavelmente precisará de um processador Intel mais novo e de uma placa gráfica NVIDIA devido à implementação proprietária CUDA. Eu encontrei dois softwares para isso:
é realmente gratuito.
Hardware encoding acceleration (nVidia CUDA & Intel Media SDK)
chega a $ 40, mas não parece realmente oferecer qualidade aceitável (li isso em alguns fóruns)
And with it comes new features, high-end performance, premium video quality, and graphics acceleration via the latest NVIDIA and Intel hardware!
Dito tudo, gostaria de saber se essas ferramentas realmente funcionam com o Motion JPEG como entrada. Não parece tão direto da lista de recursos, mas você pode querer dar uma chance.