Isso é meio complicado - o PDF não é feito para edição, como você provavelmente sabe.
Você pode tentar Scribus . Tem uma boa importação de PDF e também pode exportar para PDF. Provavelmente não será uma viagem perfeita, mas pode ser bom o suficiente.
Você também pode dar uma olhada no PDFTK . Não é possível remover linhas individuais de um arquivo, mas permite dividir & mesclagem de páginas, para que você possa primeiro extrair as páginas para modificar e trabalhar apenas com elas no Scribus.
Claro, a Wikipedia também tem uma lista: -):