Você usou o aplicativo Clean Spool no Server Resource Kit? Eu sei que está no kit de recursos de 2003, não tenho certeza se está no RK de 2008.
Eu tive problemas como esse no escritório e ele parece ter sido causado por um driver de impressora que não pôde ser instalado corretamente (Driver de impressora universal da HP). Eu reinstalei o driver no servidor e, em seguida, executei o Clean Spool em cada sistema que estava tendo problemas de estabilidade / falha de aplicativo. Isso resolveu o problema para mim.