Você precisa usar o sinalizador g
para fazer uma substituição global g . Caso contrário, acontece apenas uma vez.
cat FixMeWithSed.txt | sed 's/=//g' > FileFixedWithSed.txt
A propósito, sed
pode ler de um arquivo, então você não precisa de cat
aqui:
sed 's/=//g' FixMeWithSed.txt > FileFixedWithSed.txt