O LVPM é das mesmas pessoas que fizeram o wubi. Funcionou bem antes, mas aparentemente não funciona com versões mais recentes - que é provavelmente porque o Ubuntu se queixa.
Se você REALMENTE precisar ser capaz de suspender / retomar ou qualquer outra coisa que o ubuntu precise, mude para uma partição real. Caso contrário, se funcionar, não há necessidade de consertá-lo, IMO
Provavelmente você pode reinstalar o ubuntu fresh e mover-se sobre seu diretório inicial se realmente quiser uma instalação física dele.