Você pode instalar o thrift usando Homebrew - ele sabe como lidar corretamente com as dependências:
$ brew info thrift
thrift 0.6.1
http://incubator.apache.org/thrift/
Depends on: boost
Not installed
Se isso não funcionar, você pode instalar o autoconf
usando o Fink (embora essa versão pareça estar muito velha no momento) ou MacPorts .
Todos esses programas são gerenciadores de pacotes Unix especificamente para portas para o Mac OS X.