Provavelmente, mas você precisará de algum trabalho manual.
Os arquivos xslx são, na verdade, arquivos ZIP com dados XML. Então, basta descompactar o arquivo e dar uma olhada no interior. O formato não é algo que uma mente sensata entenderá facilmente, mas deve ser possível abrir os arquivos da pasta, procurar os elementos Row
e remover tudo depois das primeiras centenas.
Como alternativa, você pode tentar abrir o arquivo com o Apache POI ; apenas dê Java 1GB de RAM e isso pode funcionar.