Ferramentas como UNetBootIn e PenDriveLinux requer apenas uma unidade USB formatada para FAT ... Não há necessidade de criar partições separadas.
Se você quiser uma partição separada para o Linux nesse pen drive, você pode criar uma partição para o Linux e outra apenas para dados regulares. Use GParted para particionar seu disco. Durante a criação de um disco USB inicializável, você precisa especificar a unidade na qual deseja que os arquivos do Linux sejam copiados.
A maneira mais fácil é ter uma única partição. Os arquivos / pastas do Linux necessários para a inicialização serão colocados nessa partição. Você será capaz de montar esta unidade USB em qualquer sistema operacional (como qualquer outro disco USB comum) e criar outros arquivos e editá-los ... Apenas certifique-se de não excluir nenhum arquivo específico do Linux .. (eu geralmente uso uma pasta separada para arquivos não-Linux). Desta forma, você não precisa do incômodo de criar partições.